> Czy są jakieś znane Wam reguły, dobre zwyczaje w zróżnicowaniu
> cenowym oferty w przypadku przekazania klientowi kodu źródłowego
> progamu i w przypadku zachowania źródeł dla siebie?

To bardzo ściśle zależy zarówno od tego, jaki to jest program (kategoria,
język, rząd wielkości itp.), jak i od modelu biznesowego Twojej współpracy z
klientem. Bez znajomości tego nie da się dobrać optymalnej różnicy w cenie.

> Z reguły duzi klienci wybierają tę pierwszą opcje, by móc dalej
> rozwijać system bez konieczności współpracy z tym samym
> dostawcą.

Nie. Wybierają ją z reguły świadomi i jednocześnie mogący za tą opcję
_teraz_ zapłacić. Ale przede wszystkim świadomi, a wielkość nie ma nic do
rzeczy. To tak generalnie.

Napisz coś więcej, to postaram się pomóc.