> Wiadomo - różnie wygląda udostępnienie kodu, który jest
> bardzo innowacyjny i kodu jakiegoś bardzo podstawowego
> programu filtrującego dane.

To zależy, co rozumiesz przez innowacyjność. Innowacyjny program może być,
gdyż zawiera jakieś hiper-algorytmy, czyli choćby taki antywirus, albo
innowacyjny może być program tzw. biznesowy, realizujący w hiper-optymalny
sposób jakieś funkcje biznesowe (algorytmy średnio zaawansowane, ale
innowacyjne połączenie wszystkich elementów z realiami biznesowymi), albo
innowacyjne mogą być choćby kontrolki w interfejsie użytkownika.

> W moim przypadku jest to kwestia udostępnienia kodu średniego
> systemiku (kilkudziesieciu użytkowników). Chcę mieć możliwość

Jakiej klasy? Kategoria (lub: co robi), model działania (natywny, .NET, web,
java itp.).

> dalszej pracy nad tym systemem i zaoferowanie go innym klientom.
> A z drugiej strony rozumiem klienta, który chciałby mieć kod,
> by nie być ze mną związany do końca świata. Chyba dobrym
> rozwiązaniem byłoby właśnie udostępnienie klientowi kodu do modyfikacji
> systemu na własne potrzeby, bez możliwości odsprzedaży komuś
> dalej.

Jeśli to np. PHP, to możesz porozmieszczać odpowiednio kod w plikach, po
czym część plików zakodować, a część nie. W części zakodowanej będą co
ważniejsze algorytmy, oraz elementy "wyróżniające", np. jakieś loga i nazwy,
co by klient ich sobie nie pozmieniał i nie zaczął tego sprzedawać...